Najprv je potrebné jednoznačne odlíšiť medzi neznášanlivosťou lepku (intoleranciou gluténu) a alergickou reakciou na alergény prítomné v pšeničnej múke a výrobkoch z nej. Pri neznášanlivosti lepku, ktorá je príčinou celiakie, majú symptómy pomalší nástup a sú skôr zažívacieho charakteru (hnačka, nadúvanie, únava, neprospievanie, poruchy rastu atď.). Alergia na alergény pšenice má rýchly nástup v rade minút od požitia a vykazuje typické alergické reakcie (žihľavka, svrbenie, nádcha, hnačka, nadúvanie, anafylaxia atď.). Diagnostika neznášanlivosti lepku je v porovnaní s diagnostikou alergie na alergény pšenice jednoduchšia. V každom prípade je vhodné potraviny, ktoré lepok obsahujú, zaviesť do jedálnička dieťaťa medzi ukončeným 4. mesiacom, a nie neskôr ako 6. mesiac veku (kedy presne, to určuje pediater). Je to totiž obdobie, keď dieťatko na podnety v potrave reaguje najlepšie. Na sliznici čreva sa otvára tzv. „tolerizačné okno“.
Diagnózu musí vždy stanoviť lekár. U alergie alergológ, u celiakia gastroenterológ.